Das 80-jährige Bestehen feierte CSA Czech Airlines im Jahr 2003 mit einer Aero A-14 Brandenburg auf der Boeing 737-55S OK-DGL, hier im Anflug auf den Heimatflughafen Prag-Ruzyne.

Von 1999 bis 2010 diente mit der OY-GRL auch die aus Icelandair-Beständen stammende Boeing 757-236 «Kunuunnguaq» zunächst noch unter der Marke Greenlandair, ab 2002 dann im Design und Markenauftritt der Air Greenland dem grönländischen Nationalcarrier. Sie fliegt heute, inzwischen zum Frachter umgebaut, als OE-LNB bei DHL Air Austria.

Anlässlich der Fussball-Weltmeisterschaften 2006 in Deutschland erhielten einige Lufthansa-Flugzeuge eine passende «Fussball-Nase», so auch der Airbus A321-231 D-AISD

Während eher kurzer Zeit wurden die Boeing 737-8K5 der Hapag-Lloyd mit Hapagfly.com betitelt. 2005 eingeführt, wurde die Marke schon 2007 durch TUIfly und zeitweise gar eine vom restlichen TUI-Konzern abweichende gelbe Lackierung abgelöst. Hier ist mit der D-AHFE eine der ältesten Boeing 737NG beim Start auf der damaligen Piste 16 in Basel-Mulhouse zu sehen.

Die kurzlebige Marke Hapagfly erscheint auf der Boeing 737-8K5 D-AHFR nur in Form der weissen Website-Adresse hinter den roten Titeln der traditionellen Hapag-Lloyd. Nur schon ein Jahr später sollte aus Hapagfly TUIfly werden. Die hier auf der Piste 16 (später 15) in Basel fotografierte Maschine fliegt auch 2026 noch, als G-JZHC bei Jet2.

Sehr gewöhnungsbedürftig war die gelb-violette Bemalung der Europe Airpost, wie hier auf der Boeing 737-33AQC F-GIXD beim Start auf der Piste 16 in Basel. Während etlicher Jahre waren diese Maschinen vor allem freitags auf Charterflügen in Richtung Mittelmeer zu sehen. Nach vielen Jahren in französischen Charter- und Postdiensten gelangte die Maschine 2013 zu Air Panama und schliesslich 2016 zurück nach Europa, zu Maleth-Aero.

Zu Beginn der 2000er-Jahre war das TGV-Netzwerk in Frankreich noch nicht besonders dicht ausgebaut. Entsprechend gab es auch noch zahlreiche Inlandflüge, beispielsweise von Bordeaux oder Lyon nach (Basel-)Mulhouse. Auf solchen Flügen gelangten kleinere Jets wie die von Régional für Air France betriebene Embraer RJ-135ER F-GOHA zum Einsatz.

In den Sommermonaten des Jahres 2006 setzt Swiss auf ihren wenigen verbleibenden Linien ab Basel-Mulhouse auf die Saab 2000 von Darwin Airline. Hier ist die HB-IZJ bei der Landung am frühen Nachmittag eines ansonsten eher trüben Freitags zu sehen. Die später auch für Etihad Regional und Adria Airways Switzerland betriebene Maschine steht seit 2019 in Örebro abgestellt.

Für eine neue Bemalung reichte es bei der Boeing MD-90 HB-JIE von Hello nicht mehr. Sie wurde im Mai 2006 noch in der Grundierung der SAS nach Basel ausgeliefert und fortan auch in dieser Farbgebung auf Charterflügen für das in Mulhouse ansässige Reisebüro Starter eingesetzt. Nach dem Wechsel von Hello zum Airbus A320 gelangte die Maschine 2011 zu Delta Air Lines, wo sie 2019 aus dem Flugbetrieb ausschied und 2021 in Birmingham (Alabama) verschrottet wurde.

Mit mehreren Stunden Verspätung landet die Boeing 757-2Q8 TC-SNA der SunExpress recht hart auf der Piste 16 in Basel-Mulhouse. Die 1993 für Aeromexico gebaute Maschine gelangte 2005 in zweiter Hand zum Joint Venture von Condor und Turkish Airlines. 2008 führte der Weg zurück nach Mexiko, zu Aladia. Später ging es als N624AG zu Delta Air Lines, wo sie mit Unterbrüchen von 2011 bis 2022 aktiv war. 2025 wurde sie in Victorville verschrottet.